근로자와 비교대상근로자가 근무하는 부서는 51개 부서 중 하나에 불과하고 업무도 중성자 핵변환 도핑(NTD) 과제수행을 위한 일련의 업무단계(절차)상 구분일 뿐이고 업무 간 상호대체성이 인정되며 모두 과제관리책임자의 지휘를 받는 업무수행자에 불과하므로 동종 또는 유사한 업무라고 볼 수 있다. 근로자가 주장하는 정액기본급 등은 차별금지영역에 해당하고, 별도의 지침을 적용하여 군복무 기간을 경력에서 제외한 후 급여등급을 결정하고 비교대상근로자에 비해 상대적으로 적은 액수의 급여를 지급한 것은 불리한 처우이다.

한편, 정부출연연구기관으로서 제대군인에 대한 지원에 더욱 적극적이어야 하는 사업자의 특성 등을 고려할 때 불리한 처우에 대한 합리적 이유도 없다.