가족수당은 업무와 관계없이 부양가족이 존재한다는 사정만으로 지급되고, 정액급식비는 실비변상차원에서 지급되는 것으로 업무내용 및 업무량 등과 관계가 없으며, 매년 설과 추석에 지급되는 명절휴가비 역시 근무성적 및 근속연수와 무관하게 지급하는 것으로, 사용자가 근로자들에게 명절휴가비, 가족수당, 정액급식비 등을 지급하지 않는 것은 불리한 처우라고 할 것이다. 또한 사용자는 근로자들에게 명절휴가비, 가족수당, 정액급식비 등을 지급하지 아니한 것이 예산상 제약을 받는 국가기관으로서 불가피하다는 취지의 주장을 하고 있으나 이는 제약에 불과할 뿐 불리한 처우에 대한 합리적 사유로서는 인정할 수 없고,「기간제법」등 관련 법령이 국가 또는 지방자치단체의 기관에 대해서도 이 법이 적용됨을 명시적으로 규정하면서도 그 예산상 제약을 차별적 처우 시정제도의 적용을 배제할 수 있다는 예외 사유로 규정하고 있지 않으므로 불리한 처우에 있어 합리적인 이유가 없다.

성과상여금의 경우 그 지급일로부터 6개월을 경과하여 차별적 처우 시정 신청을 하였기에 각하하고, 본봉, 연구직 수당, 직급보조비, 시간외근무수당(정액분)의 경우 비교대상근로자에 비하여 불리한 처우가 존재하지 않거나 일부 근로자의 경우 합리적 이유가 있고, 정근수당 및 정근수당 가산금을 지급하지 않는 것은 수당의 지급목적에 따른 것으로 합리적인 이유가 인정된다.